現(xiàn)在人們已經(jīng)認(rèn)識到了常吃食用菌的好處，食用菌是最健康、最安全的食品，這是食用菌行業(yè)賴以生存和發(fā)展的基礎(chǔ)，在保證食用菌產(chǎn)品本身健康、綠色的同時，不要忽視食用菌生產(chǎn)過程中的環(huán)保問題，不能生產(chǎn)的是綠色、健康的產(chǎn)品，卻污染了環(huán)境。
在可以使用燃煤鍋爐的地區(qū)，蒸汽鍋爐的排放要達到國家規(guī)定的排放標(biāo)準(zhǔn)，特別是10噸以下的小型鍋爐，有條件的工廠要使用燃油、燃氣或者生物質(zhì)蒸汽鍋爐。對于非工廠化的一些品種，都是分散式滅菌，滅菌的尾氣都是直接排放，對環(huán)境造成污染，這一點目前還沒有辦法解決和控制，長期看，隨著集中生產(chǎn)菌包和合作社的增加將得到有效的緩解。
食用菌采收后的菌袋不要隨意丟棄，這一點對于食用菌工廠化企業(yè)大多可以做到，但是對于香菇、黑木耳這樣的分散式栽培的品種就不是很容易做到了，在這些品種的主要產(chǎn)區(qū)，栽培季節(jié)結(jié)束后，廢棄的菌包堆積在田間地頭、房前屋后，還有的將廢棄的菌包傾倒入河中，或者是被河水沖走，造成了環(huán)境污染，特別是不能降解的菌袋。
主要產(chǎn)區(qū)的菌包處理需要相關(guān)部門重視起來，建立規(guī)范的菌包處理機制，在不增加菇農(nóng)負(fù)擔(dān)的情況下，處理好廢棄菌包，同時用廢棄菌包生產(chǎn)草腐菌或者有機肥等，也能帶來一定的經(jīng)濟效益。
在工廠化食用菌企業(yè)，采收后的菌包一般都能夠重新利用，但是很多企業(yè)處理的方法不正確，首先是菌包在工廠生產(chǎn)線很近的距離內(nèi)處理，而且處理不及時，容易引起二次污染，導(dǎo)致廠區(qū)環(huán)境惡化，不但污染環(huán)境，而且會是新生產(chǎn)的菌包污染率增加。
如果我們一邊說食用菌是最健康、最綠色的食品，一邊在生產(chǎn)食用菌的時候，我們又造成了環(huán)境污染，那么，整個食用菌產(chǎn)業(yè)就是失敗的產(chǎn)業(yè)。
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