食用菌菌種是食用菌生產的基礎，在食用菌栽培中將食用菌的菌種通常分為三級：母種、原種、栽培種。
1、母種
母種：在試管或平皿瓊脂培養(yǎng)基上生長的純菌種稱為母種，也叫做試管種或一級種。
試管的規(guī)格一般為20mm×200mm、18mm×180mm兩種，封口用棉花或硅膠塞。
平皿的規(guī)格為直徑90mm，封口用Parafilm封口膜。
為了擴大生產，母種可以轉接成更多的母種，叫做母種的擴繁。在各級菌種中，母種的純度最高，決不允許有雜菌污染。衰老和退化的母種也不能投入生產，出現不純或者退化的母種要進行提純和復壯，提純和復壯不能達到效果就應該淘汰。
母種的來源有兩種，一種是從科研單位及菌種生產機構購買的，一種是組織或孢子分離后經出菇試驗確認遺傳穩(wěn)定和高產的母種。
母種培養(yǎng)時間：7-10天，不同品種有差異。
2、原種
原種：原種是母種的菌絲體轉接到棉籽殼、玉米芯、木屑或高粱粒、麥粒等固體培養(yǎng)基上培養(yǎng)而成的食用菌菌種，也叫做二級種。
原種制作的容器有：500ml罐頭瓶、750ml罐頭瓶、點滴瓶、專用菌種瓶等，罐頭瓶封口用菌袋裁成見方封口，點滴瓶用棉花封口。
原種的用途是擴繁栽培種用的，即母種→原種→栽培種→栽培袋，也可以用原種直接轉接到栽培袋中，即：母種→原種→栽培袋，這樣不僅能夠縮短菌種制作周期，也能更好的保證菌種純度。
原種培養(yǎng)時間：20-30天，根據制作容器和品種不同而有差異。
3、栽培種
栽培種：原種經過轉接擴大繁殖后稱之為栽培種，栽培種用于轉接栽培袋，是生產中使用量最大的食用菌菌種，也叫做三級種。
三級種制作的容器有：500ml罐頭瓶、750ml罐頭瓶、點滴瓶、專用菌種瓶等，除了這些和原種一樣的容器，栽培種使用最多的是15cm×30cm、17cm×33cm的折角袋，封口用棉花或者專用的無棉蓋體。
栽培種培養(yǎng)時間：20-30天，根據制作容器和品種不同而有差異。
在制定栽培計劃時，計算好各級菌種的生長時間，做到菌種剛長好時使用，這時菌種活性強、純度高。
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